Bönigen sa na južnom brehu jazera Brienz v Bernskom Oberlande. Stred obce Bönigen sa tiahne podél severozápadného kraja obce po rieke Lütschine až k jazeru a takmer spája s Interlakenom. V obci nájdete malebné drevenice, často už zo 16. storočia. Najväčšia časť územia obce je tvorená strmým horským svahom. Na jeho špičkách sa nachádzajú Loucherhorn, Roteflue a Schynige Platte. Prechádzky pri jazere alebo cyklistické výlety pozdĺž Lütschine sú veľmi relaxačné. Od Bönigen sa často organizujú kanoistické výlety alebo jazda na jet bote po jazere Brienz.