Onweer is heel gevaarlijk voor ballonvaarten. Omdat een ballon maar lage snelheden bereikt, is hij overgeleverd aan een onweer. Zodra er onweerswolken opkomen, wordt de ballonvaart geannuleerd. Sterke wind op grote hoogte maakt een ballon niks uit, maar sterke wind op de grond kan de start verhinderen of de landing erg moeilijk maken. Bij zware mist (vooral in het merengebied) wordt geprobeerd om een andere route te nemen. Bewolking is op zich geen probleem voor de ballonvaart, maar het neemt wel de plezier van het uitzicht weg. Daarom wordt een geplande ballonvaart ook uitgesteld bij sterke bewolking.