Ізенталь розташований у кантоні Урі на західному боці Урнерського озера, у південно-східній частині чотириводчастого озера. Лісистий Гроссталь пронизують притоки Ізенталь. Біля гідроелектростанції Клейнтал впадає річка Хліталербах, і з цього моменту долина називається Ізенталь. Муніципалітет Ізенталь знаходиться між Вольфенскіссеном, Енгельбергом і Урнерським озером. До муніципалітету належать великі альпійські території. Найвищий населений пункт — Гіцхенен (на висоті 1550 м над рівнем моря). Територія відома незайманими ландшафтами, доглянутими альпами і густими гірськими лісами.