Bönigen ligger på sørsiden av Brienzersee i Berns Øvre Land. T byens sentrum strekker seg langs den nordvestlige kommunegrensen langs Lütschinen opp til innsjøen og er nesten forbundet med Interlaken. I landsbyen finner du maleriske trehus, ofte fra 1500-tallet. Den største delen av området består av bratt fjellside. På toppene finner du Loucherhorn, Roteflue og Schynige Platte. Treningsturer langs innsjøen eller sykkelturer langs Lütschinen er svært avslappende. Fra Bönigen utforsker mange kajakk- eller Jet Boat-turer på Brienzersee.