Isenthal Uri kantonban fekszik, a Urner-tó nyugati partjánál, az öt-torlairól ismert Vierwaldstättersee déli-keleti részén. Gazdag erdős Nagy-völgyet az Isentalerbach folyó szeli keresztül. A Kleintali vízerőműnél folyik össze a Chlitalerbach, és ettől kezdve az a völgy az Isental nevet viseli. Isenthal község Wolfenschiessen, Engelberg és az Urner-tó között helyezkedik el. A községhez nagy alpesi területek tartoznak. A legmagasabban fekvő település Gitschenen (1550 m magasan a tengerszint felett). A terület ismert érintetlen tájairól, gondosan ápolt alpesi falóiról és sűrű hegymászó-erdőiről.