Isenthal nalazi se u kantonu Uri na zapadnoj strani Urnerzera, južnom dijelu Četvrtog jezera. Šumska regija Grosstal ovdje prolazi kroz Isentalerbach. U Kraftwerk Kleintal ulijeva se Chlitalerbach, a od tog trenutka dolina se zove Isental. Općina Isenthal nalazi se između Wolfenschiessen, Engelberga i Urnerzera. Općina uključuje velike planinske pašnjake. Najviša točka je Gitschenen (na 1550 m nadmorske visine). Područje je poznato po netaknutim krajolicima, pažljivo održavanim planinama i gustim planinskim šumama.