Bönigen nalazi se na južnoj obali Brijunskog jezera u Berner Oberlandu. Središte sela Bönigen proteže se duž sjeverozapadne granice općine uz Lütschine do jezera i gotovo je povezano s Interlakenom. U selu su slikovnice drvene kuće, često još iz 16. stoljeća. Najveći dio mjesta čini strma planinska padina. Na vrhovima su Loucherhorn, Roteflue i Schynige Platte. Šetnje uz jezero ili vožnja bicikla uz Lütschine vrlo su opuštajuće. Od Bönigena se često kreće na kajakaške ture ili jet boat ture po Brijunskom jezeru.