Bönigen leży na południowym brzegu jeziora Brienz w regionie Berner Oberland. Centrum wsi Bönigen rozciąga się wzdłuż północno-zachodniej granicy gminy wzdłuż rzeki Lütschine aż do jeziora i jest niemal połączone z Interlaken. We wsi znajdują się malownicze drewniane domy, często datowane na XVI wiek. Największa część miejscowości składa się ze stromej zbocza górskiego. Na jego szczytach znajdują się Loucherhorn, Roteflue i Schynige Platte. Spacerki nad jeziorem lub wycieczka rowerowa wzdłuż Lütschine są bardzo relaksujące. Z Bönigen często organizowane są wycieczki kajakowe lub rejsy motorówkami po jeziorze Brienz.