Isenthal ligger i Uri-fylket på vestsiden av Urvannsjön, den sørøstlige delen av Vierwaldstättersee. Den skogkledde Grosstal-elven renner gjennom her fra Isentalerbach. Ved Kleintal vannkraftverk munder Chlitalerbach ut, og her kalles dalen Isental. Kommunen Isenthal ligger mellom Wolfenschiessen, Engelberg og Urvannsjön. Kommunen omfatter store alpeområder. Det høyestliggende stedet er Gitschenen (på 1550 m over havet). Området er kjent for urørte landskap, kjære guds- og fjellandskap og tette fjellskoger.